无论如何，大唐此时正处于天下大饥的处境，内有李氏诸王联兵匡复之事，外有东突厥的威胁，而且已经弃守安西四镇，示人以“务在养人，不在广地”,如今却大举攻击吐蕃在西域的势力，复想开辟康藏第二战场，的确是失策的战略思考，让人觉得武则天有穷兵黩武之感。
因此，陈子昂后来又奏《上军国利害事》说：“当今天下百姓虽未穷困，军旅之弊，不得安者，向五六年矣。国家所伐吐蕃有大失策，中国之众，半天下受其弊。”故盼望武则天能予召见，给他一个面论的机会。所幸武则天正忙着革命，所以就暂时不对吐蕃用兵，再次用兵已是登基后两年——长寿元年(692)之事了。
从永昌元年至长寿元年(689～692)这三四年间，吐蕃内政出了问题，部属一再来降，大周曾在大度西山勒石以纪其功。可能因此之故，奉命安抚西土的西州都督唐休璟趁机奏请复取四镇，武则天乃命右鹰扬将军王孝杰为武威道行军大总管统兵往攻。王孝杰十四年前曾随工部尚书刘审礼战败于青海而被俘，嗣因相貌像赞普之父，故得免死而归。由于久在吐蕃，悉其虚实，故武则天用他为帅。
长寿元年十月，王孝杰不负所望，克复龟兹、于阗、疏勒、碎叶四镇，重置安西都护府于龟兹，留重兵三万驻守。这支重兵是武威道行军的长驻军，军号即为武威军，因此丝绸之路自后得以确保，吐蕃与西突厥交连的战略形势亦被切断，甚至使吐蕃再难出于阗而攻疏勒。武则天深嘉王孝杰之功，明年迁为夏官(兵部)尚书。三年(694,即延载元年)二月，武威军复破吐蕃与西突厥联军，更进拜他为夏官尚书、同三品。