大西军在平定全滇之后，即“发兵守四川之大渡河，贵州之镇远，中路之雪山关，凡可以入滇之路，悉扼守之”[53]。在将近三年的时间里，大西军同清方和南明朝廷都没有接触，联明以后云南仍在原大西军控制之下。孙可望等在云南的统治由于客观环境的变化，显示了一些特色。大致可以说，它是张献忠大西政权的延续，又在政策措施上做了部分改革。特别是纠正了献忠奉行的过激行为，针对云南地方特点注意团结少数民族，成绩非常显著。现分述如下：
一、在政权建设方面，孙可望等大西军领导人为争取云南汉族官绅和土司的支持，废除了大西国号，许诺“共扶明后，恢复江山”[54]，但当时还没有同南明永历朝廷建立联系，因此纪年暂用干支。领导体制上，孙可望称平东王，李定国为安西王，刘文秀为抚南王，艾能奇为定北王[55]，四人地位大致相当，孙可望以大哥的身份充当“盟主”主持军政重务。文献记载，可望“大书示命，号召全滇云：孤率三兄弟，统百万貔貅，建国不建统，纪年不纪号”[56]。以杨畏知为华英殿学士兼都察院左都御史，严似祖为吏部兼礼部尚书，王应龙为工部尚书，丁序焜为户部尚书，任僎为副都御史掌都察院事，马兆羲为学院[57]，张虎为锦衣卫。沐天波仍明旧封为黔国公，“提调汉土官兵，加云鹤服色”[58]。府、州、县官员也一概重新任命，委用的官吏“皆换伪印，独天波佩旧印不改”[59]。所颁新印篆文由明朝的九叠文改为八叠文，“且重廉吏，除贪酷，不时差人易服色，暗访察，有廉者立加奖擢，贪者立拿斩首，传示各府州县”。命弓匠出身的大西军老部下工部尚书王应龙行巡按事，巡察各地，“访姚安知府谢仪贪酷，孙可望差官持令箭去，立拿于署前斩首传示。全滇之官无一人敢要钱者”[60]。这种雷厉风行的惩治贪污，荡涤了明朝相沿成习的污泥浊水，保证了云南吏治的清廉。