接下来的调查使究竟是否发生过绑架的问题留下了一些疑点，但表明外国人在被控的所有罪名上是无辜的。官方审讯了几百人，其中150人是宗教机构的工作人员，但没有一例发现了事实上的绑架，也没有任何挖眼掏心的证据。所有的指控都是基于街谈巷议，与湖南、扬州或直隶其他地方的类似指控一样没有得到证实。曾国藩在其报告中写道：
英法各国乃著名大邦，岂肯为此残忍之行？以理决之，必无是事。天主教本系劝人为善，圣祖仁皇帝时久经允行，倘戕害民生若是之惨，岂能容于康熙之世？即仁慈堂之设，其初意亦与育婴堂济院略同，专以收恤穷民为主，每年所费银两甚多，彼以仁慈为名，而反受残酷之谤，宜洋人之忿忿不平也。
至津民之所以积疑生愤者，则亦有故，盖见外国之堂中年扃闭，过于秘密，莫能窥测底里，教堂、仁慈堂皆有地窖，系从他处募工修造者。臣等亲履被烧堂址细加查勘，其为地窖不过隔去潮湿庋置煤炭，非有他用。而津民未尽目睹，但闻地窖深邃，各幼孩幽闭其中，又不经本地匠人之手，其致疑一也。
