这次会见以后，格鲁派迅速传遍全蒙古，给整个蒙古历史带来极为深远的影响。
首先，是风俗习惯和日常生活方面的影响。据萧大亨《夷俗记》记载，蒙古族“比款贡以来，颇尚佛教。其幕中居恒祀一佛像，饮食必祭，出入必拜，富者每特庙祀之，请僧讽经，捧香瞻拜，无日不然也。所得市银，皆以铸佛铸浮图。自虏王以下至诸夷，见佛见喇嘛无不五拜五叩首者，喇嘛惟以左手摩其顶而已。且无论男女老幼，亦往往手持念珠而不释也。又有以金银为小盒，高可二三寸许，藏经其中，佩之左腋下，即坐卧寝食不释也。”“从前蒙古人等死后，则尽力宰杀驼马殉葬以为盘费，自此力改，竭力奉行经教，按年逐月，并按八节持戒诵经。”“每月持斋三日，禁止杀牲渔猎。”[143]在黄教传入前，蒙古族中流行人畜殉葬制度。自黄教传入后，俺答汗首先废除人畜殉葬制度，而实施藏族的火葬法。黄教传入后，蒙古族中的禁忌也更多了，“一举动，僧曰不吉，则户限不敢越也”[144]。
蒙古许多文学、历史著作也受黄教的影响，如著名的《大黄史》、《蒙古源流》等均以佛教思想贯穿全书，甚至篡改历史事实以适应佛教理论。
蒙古的翻译工作，也因黄教传入而有了新的发展。俺答汗从西藏请来几百名喇嘛，让他们翻译藏文和汉文的佛教经典。17世纪初藏传佛教经典《甘珠尔》全部被译成蒙文，称得上是蒙古翻译史上的空前壮举，是蒙、汉、藏各族学者共同努力的结果。在翻译过程中，许多藏文词汇为蒙文所吸收，丰富了蒙文的词汇。