李鸿章率部到苏南后，与太平军恶战于新桥、泗泾、北新泾等处，陷常熟、太仓、昆山等地，又策动苏州太平军守将叛变献城，慈禧赏以太子太保衔，穿黄马褂。左宗棠率部入浙，攻陷遂安、金华、绍兴，大战于富阳。海宁太平军守将叛变献城。杭州太平军守将出走。左宗棠得杭州，慈禧亦赏以太子少保衔，穿黄马褂。曾国荃率部围攻天京，李秀成率太平军数十万来援，曾国荃与之苦战四十余日，始转危为安。同治三年六月十六日，地道火发，天京陷落。这样轰轰烈烈的太平天国起义，终于被慈禧等人所镇压。慈禧踌躇满志，封曾国藩一等侯，曾国荃一等伯，李鸿章一等伯，骆秉璋一等轻车都尉，杨岳斌太子少保，彭玉麟太子少保。
借兵助剿
慈禧在第一次垂帘听政期间，对洋人有联合也有抵制。企图利用洋人势力剿杀国内人民起义，留下了后患。
第二次鸦片战争失败，《北京条约》签订以后，英国、法国、俄国等国积极要求协助清朝政府进攻太平天国。咸丰十一年(1861)冬，太平军再攻上海。由江苏巡抚薛焕出面，又向慈禧递上了《代江浙绅士奏请借师助剿折》,为了达到目的，江浙绅士潘曾玮还到京师进行疏通，并得到了奕诉等人的赞同。慈禧在一道上谕中表示： “所有借师助剿，即由薛焕等与英、法两国筹商，克日办理，但于剿贼有裨，朕必不为遥制。其事后如有必须酬劳之说，亦可酌量定议，以资联络。”署江苏布政使吴煦拟定《借师剿贼章程》,其基本纲领是：防守上海以固根本，攻取宁波以树声援，乘虚而入，以取苏州，会合湘军进攻南京。并且拟定办法：克复一县城，约犒赏银二万两；克复一府城，约犒赏银四万两。至于克复苏州、南京两处，拟于破城时将城中一切辎重，概归外国兵官收管，俟变价后分作三分，英、法二国兵丁各得一分，中国兵得一分。而曾国藩、李鸿章等却对慈禧已经认可的“借夷助剿”,在一定程度上持保留态度。曾国藩奏称： “宁波、上海皆系通商码头，洋人与我同其利害，自当共争而共守之，苏、常、金陵，本非通商子口，借兵助剿，不胜为笑，胜则后患不测。”李鸿章也写信给曾国藩说：“潘季玉(潘曾玮)从京回，盛称恭邸(奕诉)、文百川(文祥)之意以会剿腹地为是，独吾师不谓然。”虽然如此，慈禧、奕诉主持的“借兵助剿”,还是促成了中外反动势力的勾结，英国、法国、俄国均曾出动正规军与太平军作战，英国、美国扶植的“常胜军”,法国扶植的“常捷军”,与太平军的战斗则更为频繁。只是由于与曾国藩、李鸿章等存在着利害冲突，外国武装未能染指苏州、南京而已。