湖广布政使司作为一个管理机构，内部设有左右布政使、左右参议等官职。其中左右布政使职位最高，各一人，官职为从二品。湖广布政使司所辖各府和直隶州的机构则是地方上的二级行政机构，各府设有知府一人，正四品；同知一人，正五品；通判若干，正六品。州县是地方上的三级行政机构，州一般在习惯上称为属州。属州的政府结构和直隶州相同，只是官员设置上一般较少。县设知县一人，正七品；县丞一人，正八品；主簿一人，正九品。知县掌管一县之政，包括赋役、每年收支、每十年造一次的黄册、人口田产的核定等工作。可以看出，州县的县官主要任务也是管理农业、负责农村社会的一切社会事务。
再到更基层的，平头老百姓直接能接触到的行政机构就来自中国古代封建时期，在乡村治理方面的一大创举——里甲制度。里甲是州县之下直接管理农业的基层组织，其职能非常广泛。里甲管理人员称为里长和甲首。洪武朝时，明太祖朱元璋曾颁布《教民榜文》规定里长、甲首的职责，主要是协助县官治理乡村，管理农事，包括催收钱粮、兴修水利、裁判诉讼等。不难看出这个以农业为主的封建国家，上至户部、工部，中至布政使司，下到州县的里甲，共同构成了从中央到地方一套完整的农业管理系统。这一系统主要负责土地权属的界定、对农业人口的监管、对赋税的征缴及徭役的安排分派等诸多详细到执行层面的工作。