1618年，正值明末天下鼎沸之际，侯方域生于河南归德，字朝宗。侯家乃当地望族，侯方域的祖父侯执蒲，官至太常卿。这是一个掌管礼乐、郊庙、社稷事宜的官。虽然权力不大，但在“国之大事，在祀与戎”的古代中国，却位列九卿之一，算得上国家高级干部。侯方域的父亲侯恂，累官至户部尚书，则是有其名也有其实的高级官员。侯方域的叔父侯恪与侯恂为同榜进士，后来升迁至南京国子监祭酒。总之，侯家数代为官，且大多出任掌礼乐教化之类的高级文职，从而使侯家形成了一个读书事举子业，通过科举考试博取功名的传统。在这种传统中成长，侯方域少年时就敏而好学，十六七岁时随父亲在北京生活，被当时的达官贵人认为生有异质，把他比作汉朝的张安世和唐朝的李文饶。《清史稿》说他“性豪迈不羁，为文有奇气。时太仓张溥主盟复社，青浦陈子龙主盟几社，咸推重方域，海内名士争与之交”。官宦世家的生活，一点一滴地凝结成了侯方域性格中偏执、好为大言和过于自负的一面。
此外，从现存资料看，侯家似乎是一个具有轻快自在、不拘绳墨的自由主义倾向的家庭。按一般理解，像侯家这种通过苦读后金榜题名再步入仕途的家庭，应当是严谨的、严肃的、甚至是严厉的，但事实恰好相反——可能也和晚明时期中国人精神的日趋开放有关，侯家多少程度上有着率性而为的因子。比如身为高级官员的侯恂，他爱好戏曲，蓄有家乐，为了让演员的表演更加生动逼真，他有时竟悄悄地带着这些演员和自己一起入朝，以便他们观察同僚“贤奸忠佞之状，一切效之，排场取神似逼真，以为笑噱”。小说家马拉美说过，世界的存在就是为了写一部小说。这自然是小说家的夸张，但就侯恂的行为而言，他似乎已经模糊了仕途与戏曲的界限。这种率性而为的性格，自然会对侯方域产生深远影响。