第一，加快完善民办教育法律体系，解决法的有无和统一问题。新的制度架构要突出解决民办学校分类管理问题，政府部门要积极开展营利性和非营利性民办学校分类管理试点，探索经验，积极推广；清晰界定民办学校办学自主权，划清政府管理与民办学校自主权的边界。在法律体系建设上，特别要注意解决法律法规之间的不衔接与“相互打架”的现象，包括教育法律法规之间的衔接和教育法律法规与其他相关的法律法规的配套问题。
第二，为完善民办学校治理结构与治理机制提供必要的制度供给，切实解决民办学校治理结构中出现的某些制度缺陷。当前，不但要明确章程在民办学校运行中的法律地位，明确董事会（或理事会）作为民办学校决策机构的地位，还要在制度上保障对董事会的决策和行为进行有效监督，这就需要积极探索和推进监事会和监事制度。在民办学校中，还要进一步明确董事会与校长之间的分工，确保校长依法行使职权。对非营利性民办学校，要探索规范举办者权利与义务的方式，防止非营利民办学校出现营利性冲动过强和举办者权力过大的现象。在进行分类管理的试点过程中，要着手建立举办者变更和退出民办学校的机制，解决举办者关心的利益问题。在非营利高校中还要进一步明确校董会、党委、工会等之间的关系，保障教职工参与民主管理和民主监督的权利。