出于上述目的，外国人在中国办学基本上是完全按照西方的和教会的教育办法进行的。在学校的管理体制和教育设施上，基本上按照西方学校的模式而设置。如果说在第二次鸦片战争之前教会学校的初创阶段，由于学校的规模较小，这种西式管理体制尚不普遍、不健全的话，那么在进入到这一时期的发展阶段之后，尤其是在各种专科学校、大学和大型中学中，这种西式管理体制和教育设施渐趋健全。学校的管理制度大多采用董事会和监理会领导下的校长负责制。图书馆、实验室、学生娱乐场所和宿舍逐步建立起来。学生大多实行住宿制，按照严格的作息制度学习和生活。
在课程设置和教学方法上，都是中西并用，逐渐西化。在课程设置上，大多数学校都设有儒学、宗教学、理化学、政法学、音乐学、史地学和外语等方面的课程，除儒学纯属中学外，其他多属西学。在教会办学的初创阶段，儒学和宗教学的课程较多，以后西方自然科学和社会科学的课程逐渐增多，尤其在专科学校和大学中，大多以西学为主。在教学方式上，改变了中国传统教学的单纯跟诵、死背方式，开始结合课文的讲解；而且随着校办实验室、博物馆、实习工场的开设，使书本教学与实验教学相结合、抽象教学与形象教育相结合。
